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Congresso Final 2021

Análise de genómica comparada revelou diferenças genotípicas entre isolados de Pseudomonas syringae pv. actinidiae obtidos de pomares de kiwi portugueses

Aitana Ares1,2, Joana Costa1,2, Daniela Figueira1,2 Eva Garcia1,2, Marta Tacão3

  1. Universidade de Coimbra, Centro de Ecologia Funcional, Departamento de Ciências da Vida, Calçada Martim de Freitas, 3000-456 Coimbra, Portugal.
  2. Laboratório de Fitossanidade, Instituto Pedro Nunes, 3030-199 Coimbra, Portugal
  3. CESAM | Departamento de Biologia, Universidade de Aveiro


Pseudomonas syringae
pv.
actinidiae (Psa), o agente causal do cancro bacteriano da actinídea, foi detetado pela primeira vez no noroeste de Portugal há onze anos. Até à data, tinham sido descritas mundialmente cinco populações de Psa, sendo a população de Psa3 a responsável pelo surto na Europa de 2008. Desde então, a Psa tornou-se uma ameaça global para a fileira do kiwi. Em Portugal, apesar da sua importância económica, a informação sobre a caracterização genética das populações de Psa é limitada ou não está disponível em bases de dados públicas. Neste estudo, comparamos o genoma draft de seis isolados de Psa (Psa KW) obtidos de folhas sintomáticas de Actinidia chinensis cv. deliciosa em pomares portugueses para estimar os genes que constituem o genoma partilhado, o genoma acessório e o pangenoma. O genoma de Psa de estirpes isoladas de diferentes áreas geográficas estão disponíveis em bases de dados públicas mas, tanto quanto sabemos, só existe um draft genome de uma estirpe portuguesa, a CRA-FRU 14.08 isolado em 2010 no primeiro surto de Psa em Portugal. O genoma desta e de outras estirpes representativas das cinco populações de Psa foram utilizados para as análises de genómica comparada. Estas análises revelaram importantes diferenças entre as estirpes de Psa KW e entre estas e o primeiro isolado português CRA-FRU. Ferramentas de predição de ilhas genómicas permitiram antever a ocorrência de uma ilha de patogenicidade em duas estirpes e ilhas de resistência em quatro. No isolado Psa KW83 não foi prevista a ocorrência de nenhuma das classes de ilhas testadas, tendo esta estirpe sido isolada da mesma planta sintomática que um dos isolados com uma ilha de patogenicidade confirmando a coexistência de estirpes com reportório de virulência diferente previamente descrita por outros autores. Estes resultados refletem uma clara diversidade intraespecífica nos isolados portugueses e um mecanismo de evolução e adaptação do genoma subjacente. Em paralelo, foram identificadas diferenças relativamente à predição de fatores de virulência estando os isolados de Psa KW estreitamente relacionados com a estirpe neozelandesa ICMP18884 (análise SIMPER com uma semelhança do 98,70%). Análises filogenéticas com base na distância BLAST e análises de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs)   revelaram a existência de um grupo que partilha a uma única linhagem genética englobando as estirpes italianas do surto de 2008, as portuguesas, chilenas, neozelandesas e chinesas. Análises posteriores revelaram a ocorrência de eventos de recombinação (p < 0,05) evidenciando a existência de mecanismos evolutivos geradores de novidades genéticas que dependendo do contexto evolutivo serão selecionadas contribuindo para a diversificação das populações, com potencial impacto na sua persistência e virulência. Os nossos resultados demonstram a coexistência de estirpes com uma origem comum que com a ocorrência de eventos de co-evolução. Estes dados irão contribuir e serão de grande importância para futuros estudos epidemiológicos e evolutivos. 

Palavras-chave: cancro bacteriano do kiwi, diversidade genética, genómica comparativa, EDGAR, filogenómica

Financiamento: Trabalho realizado no âmbito da Ação 1.1 Grupos Operacionais “I9K – InovKiwi – Desenvolvimento de estratégias que visem a sustentabilidade da fileira do kiwi através da criação de um produto de valor acrescentado” promovida pelo PDR2020 e co-financiada pelo FEADER, no âmbito do Portugal 2020. Aitana Ares agradece o financiamento do Projecto CULTIVAR (CENTRO-01-0145-FEDER-000020), co-financiado por o Programa Operacional Regional Centro 2020, Portugal 2020, e a União Europeia, através do Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER).

Desenvolvimento de estratégias que visem a sustentabilidade da fileira do kiwi através da criação de um produto de valor acrescentado

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